La forte intégration des parties industrielle et étatique de la DCN, qui résulte de l'histoire, était sans doute adaptée à une période de croissance stable des budgets de défense, caractéristique de l'époque de la guerre froide où primait la recherche de la performance technique. Cette orgnisation portait toutefois en elle-même un certain nombre d'inconvénients devenus apparents depuis que les crédits de paiement versés par la Marine à la DCN sont en décroissance sensible (20 milliards de francs environ en 1990, 14,5 milliards de francs en 1995...)Aussi, dès 1992, la réorganisation de la DCN a-t-elle été entreprise, en distinguant plus clairement les tâches étatiques de maître d'ouvrage des fonctions industrielles de façon à mieux contrôler les coûts des programmes nationaux.